Del cronista Can. Lic. Luis Jerónimo de Alcocer, natural de esta isla y quien lo escribió en el año de 1650 tomamos un testimonio de gran interés en un documento que se conserva en la Biblioteca Nacional de Madrid:
Dice textualmente: “La imagen milagrosa de Nuestra Señora de la Altagracia está en la villa de Higüey, como treinta lenguas de esta ciudad de Santo Domingo; son innumerables las misericordias que Dios Nuestro Señor ha obrada y cada día obra con los que se encomiendan a esta santa imagen; consta que la trajeron a esta isla dos hidalgos naturales de Placencia, en Extremadura, nombrados Alonso y Antonio, de Trejo que fueron de los primeros pobladores de esta isla, personas nobles como consta de una cédula del rey, en que encomienda al gobernador de esta isla que los acomode y aproveche en ella, y habiendo experimentado algunos milagros que había hecho con ellos la pusieron para mayor veneración en la iglesia parroquial de Higüey, adonde eran vecinos y tenían haciendas”.
“Parece que no quiere Dios Nuestro Señor que salga de aquella villa, porque a los principios enviaron por ella el Arzobispo y Cabildo de la Catedral y se desapareció de un arca donde la traían cerrada con veneración y cuidado y al mismo tiempo en su iglesia de Higüey donde solía estar; está pintada en un lienzo muy delgado, de media vara de largo y la pintura es del Nacimiento y está Nuestra Señora con el Niño Jesús delante y San José a sus espaldas.
Y con tener tanto tiempo tiene muy vivas los colores y la pintura como fresca; van en romería a esta santa imagen de Nuestra Señora de la Altagracia de toda esta isla y de las partes de las Indias que están más cerca y cada día se ven muchos milagros que por ser tantos ya no se averiguan ni escriben; Algunos en señal de agradecimiento los hacen pintar en las paredes y otras partes de la iglesia, y con ser los menos ya no hay lugar para más. Son muchas las limosnas que se hacen a esta Santa Iglesia, y así está bien proveída de ornamentos y tiene muchas lámparas de plata delante de su santa imagen”.
La parroquia fue erigida por decreto del primer obispo de Santo Domingo, Fray García de Padilla el 12 de Mayo de 1512. Siendo ya parroquia por esta fecha hay que pensar que el culto de la Virgen Santísima, bajo cualquier advocación, comenzó ya en esos días, lo que unido a la vencidad de los hermanos Trejo por aquellos años hace pensar que el culto a Nuestra Señora de la Altagracia, con carácter popular, no está muy distante de aquellos primeros tiempos.
Señala Monseñor Juan Félix Pepén, primer Obispo de Higüey, “que la construcción del templo que sustituyó a la vieja ermita techada de paja, donde tuvo su primer asiento el culto a Nuestra Señora de la Altagracia “Se debió principalmente al Canónigo Alonso de Peña, quien aportó para ello sus propios recursos económicos y la dirección de los trabajos, y al Mayordomo del Santuario, don Simón de Bolívar, quinto abuelo del Libertador de América del Sur quien gestionó la ayuda necesaria para su terminación.
La obra de fábrica comenzó entre los años 1567 y 1569, y terminó en 1572 cuando el templo fue consagrado por el Arzobispo Fray Andrés de Carvajal.”
Para la época de la aparición del milagroso cuadro de la Virgen la población de Higüey contaba con unos 300 habitantes; en días laborables se mantenía casi desierta; hombres y mujeres laboraban la tierra en los campos aledaños. El santuario es el único centro que consigue agruparlos dándole una conciencia de comunidad social.
