El culto de la Santísima Virgen fue introducido en el Nuevo Mundo por su propio descubridor. La nave capitana de su flota se llamaba La Santa María, cuyo trágico fin está estrechamente vinculado a nuestros orígenes nacionales.
Por otra parte, la devoción mariana del gran Colón resplandece en su magna obra, y en todos los pueblos que ganaba, señala Garcilazo de la Vega, ponía imagen de María Nuestra Señora. En cuanto a “Nuestra Señora de la Altagracia que está en la Villa de Higüey, en esta isla, asevera en 1664 en carta al Rey el Arzobispo de La Cueva y Maldonado, es el primero santuario que hicieron los católicos en ella, cuando las católicas armas de V.M. la conquistaron en su principio, con que tiene a ser el santuario primero de estas Indias” (Vitilio Alfau Durán).
Según el Can. Alcocer en su relación de 1650, la venerada imagen de la Altagracia fue llevada a Higüey por los hermanos Antonio y Alonso de Trejo, naturales de plasencia, en Extremadura, quienes se radicaron en dicha villa en los primeros días de su fundación y en cuya jurisdicción fueron dueños de un ingenio de azúcar cuyas ruinas se conservan. (El Ingenio de los Trejo en Higüey, El Caribe, 17 de Oct. 1957).
En cuanto a la aparición en el Naranjo, una tradición constante, mezclada quizás con la leyenda, y que se ha transmitido de padres a hijos la refiere así:
“Una niña, que tenía dos hermanos, era la más devota de la imagen de Nuestra Señora de la Altagracia que se veneraba en el oratorio de su casa. Ella le ponía flores a todas las imágenes de su altar y todas se marchitaban al siguiente día, pero las puestas a la Altagracia duraban sin marchitarse más de lo normal.
Muerta la niña, cuando apenas había traspuesto los umbrales de la infancia, la imagen de la Altagracia desapareció de la casa, siendo encontrada sobre las ramas de un naranjo por dos monteros que la reintegraron a su dueño.
Eso se repitió, y en vista de ello resolvieron levantarle una ermita en ese sitio, o sea junto a la mata de naranja”. Esto es lo que refiere la tradición, y de ahí las denominaciones de La Virgen de la Niña y de la Virgen del Naranjo, que todos hemos, oído (Memorias de la Basílica Menor de Santa María, Virgen de la Altagracia, Higüey, 1971. pág.9).